География и геология благодаря работам Мушкетова пополнились целым рядом важнейших научных открытий. Он составил первую геологическую карту Туркестана, организовал первую в Российской империи службу сейсмологических исследований, подготовил каталог землетрясений - именно поэтому его называют "отцом русской сейсмологии". Мушкетов открыл несколько важнейших месторождений полезных ископаемых; его научные труды переведены на многие языки. За научные заслуги И. В. Мушкетову была присуждена высшая награда Русского географического общества - золотая Константиновская медаль.